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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wf7 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the PDZ domain of Enigma homologue protein | ||||||
要素 | Enigma homologue protein | ||||||
キーワード | Structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / PDZ domain (PDZドメイン) / Enigma homologue protein / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 muscle structure development / cell growth involved in cardiac muscle cell development / : / muscle alpha-actinin binding / regulation of dendritic spine morphogenesis / actinin binding / regulation of synapse assembly / filamentous actin / stress fiber / protein kinase C binding ...muscle structure development / cell growth involved in cardiac muscle cell development / : / muscle alpha-actinin binding / regulation of dendritic spine morphogenesis / actinin binding / regulation of synapse assembly / filamentous actin / stress fiber / protein kinase C binding / cell projection / 接着結合 / Z disc / マイクロフィラメント / presynapse / actin binding / heart development / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamic | ||||||
データ登録者 | Qin, X. / Tochio, N. / Kigawa, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Solution structure of the PDZ domain of Enigma homologue protein 著者: Qin, X. / Tochio, N. / Kigawa, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wf7.cif.gz | 557.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wf7.ent.gz | 483.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wf7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10309.564 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN 1110001A05 / プラスミド: P030203-44 / 参照: UniProt: Q8CI51 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.06mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM PiNa(pH6.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamic / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |