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- PDB-1vrx: Endocellulase e1 from acidothermus cellulolyticus mutant y245g -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vrx
タイトルEndocellulase e1 from acidothermus cellulolyticus mutant y245g
要素ENDOCELLULASE E1 FROM A. CELLULOLYTICUS
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA/BETA BARREL / ENDO-1 / 4-BETA-D-GLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / polysaccharide binding / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) ...Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acidothermus cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / AB INITIO / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Baker, J.O. / McCarley, J.R. / Lovett, R. / Yu, C.H. / Adney, W.S. / Rignall, T.R. / Vinzant, T.B. / Decker, S.R. / Sakon, J. / Himmel, M.E.
引用ジャーナル: Appl.Biochem.Biotechnol. / 年: 2005
タイトル: Catalytically enhanced endocellulase Cel5A from Acidothermus cellulolyticus.
著者: Baker, J.O. / McCarley, J.R. / Lovett, R. / Yu, C.H. / Adney, W.S. / Rignall, T.R. / Vinzant, T.B. / Decker, S.R. / Sakon, J. / Himmel, M.E.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年7月5日ID: 1C0D
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOCELLULASE E1 FROM A. CELLULOLYTICUS
B: ENDOCELLULASE E1 FROM A. CELLULOLYTICUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3492
ポリマ－80,3492
非ポリマー00
水4,179232
1
A: ENDOCELLULASE E1 FROM A. CELLULOLYTICUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1741
ポリマ－40,1741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDOCELLULASE E1 FROM A. CELLULOLYTICUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1741
ポリマ－40,1741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.690, 96.690, 258.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

HOH

21B-544-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 ENDOCELLULASE E1 FROM A. CELLULOLYTICUS


分子量: 40174.477 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, BAMH1 FRAGMENT / 変異: Y245G, V342D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidothermus cellulolyticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54583, セルラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.66 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 2.2M NaCl 0.1M Sodium Citrate (pH4) 0.3M manoheptose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→8 Å / Num. all: 53535 / Num. obs: 53535 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 1.99 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.64 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Num. unique all: 53535 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 2.4→8 Å / Num. parameters: 2376 / Num. restraintsaints: 2395 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2644 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.193 52895 --
obs0.193 50251 92.9 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5935
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5710 0 0 232 5942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.24
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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