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- PDB-1vok: ARABIDOPSIS THALIANA TBP (DIMER) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vok
タイトルARABIDOPSIS THALIANA TBP (DIMER)
要素TATA-BOX-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / TRANSCRIPTION INITIATION (転写 (生物学)) / DNA BINDING (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
TATA結合タンパク質 / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA結合タンパク質 / TATA結合タンパク質 / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nikolov, D.B. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: 2.1 A resolution refined structure of a TATA box-binding protein (TBP).
著者: Nikolov, D.B. / Burley, S.K.
履歴
登録1996年4月29日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_database_status / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
B: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8973
ポリマ－44,8012
非ポリマー961
水5,152286
1
A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4001
ポリマ－22,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4962
ポリマ－22,4001
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
B: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
B: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7946
ポリマ－89,6014
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
Buried area7780 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34800 Å2
手法PISA
4
A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
B: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
B: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7946
ポリマ－89,6014
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+3/2,-z+1/41
Buried area8850 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
6
A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN

A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8012
ポリマ－44,8012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+3/2,-z+1/41
Buried area2130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.000, 105.000, 215.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 TATA-BOX-BINDING PROTEIN


分子量: 22400.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28147
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.79 %
結晶化
*PLUS
温度: 4-20 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.0 Mammonium sulfate1reservoir
220 mMHEPES1reservoir
35 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 32781 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.044
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rsym value: 0.132 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.198 -
obs0.198 28183
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2995 0 5 286 3286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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