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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vkf | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR-RELATED PROTEIN (TM1436) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 1.65 A RESOLUTION | ||||||
要素 | glycerol uptake operon antiterminator-related protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR-RELATED PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Glycerol uptake operon antiterminator-related protein (TM1436) from Thermotoga maritima at 1.65 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vkf.cif.gz | 148.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vkf.ent.gz | 121.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vkf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: MSE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 172 / Label seq-ID: 13 - 184
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20973.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / 遺伝子: TM1436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1F0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.5 詳細: Citrate pH 5.5, 50% PEG-200, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.953693 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月16日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953693 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→80.31 Å / Num. obs: 110006 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 6833 / Rsym value: 0.576 / % possible all: 82.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→72.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.105 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.094 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→72.19 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2501 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 172 / Label seq-ID: 13 - 184
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