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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vjb | ||||||
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タイトル | crystal structure of the ligand-binding domain of the estrogen-related receptor gamma in complex with 4-hydroxytamoxifen | ||||||
要素 | Estrogen-related receptor gamma | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / ligand-binding domain / ANTAGONIST COMPLEX (受容体拮抗薬) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nuclear Receptor transcription pathway / AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / steroid binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...Nuclear Receptor transcription pathway / AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / steroid binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Greschik, H. / Flaig, R. / Renaud, J.P. / Moras, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Structural Basis for the Deactivation of the Estrogen-related Receptor {gamma} by Diethylstilbestrol or 4-Hydroxytamoxifen and Determinants of Selectivity. 著者: Greschik, H. / Flaig, R. / Renaud, J.P. / Moras, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vjb.cif.gz | 94.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vjb.ent.gz | 71.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vjb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28386.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Esrrg, Err3, Kiaa0832, Nr3b3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62509, UniProt: P62508*PLUS #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 % |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9804 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月22日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9804 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→45 Å / Num. obs: 8116 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 60.2 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 30.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KV6 解像度: 3.2→24.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1212173.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.11 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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