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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vev | ||||||
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タイトル | Crystal structure of peptide deformylase from Leptospira Interrogans (LiPDF) at pH6.5 | ||||||
要素 | Peptide deformylaseペプチドデホルミラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / closed conformation / MES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-translational protein modification / ペプチドデホルミラーゼ / peptide deformylase activity / 翻訳 (生物学) / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leptospira interrogans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Z. / Song, X. / Li, Y. / Gong, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Novel conformational states of peptide deformylase from pathogenic bacterium Leptospira interrogans: implications for population shift 著者: Zhou, Z. / Song, X. / Gong, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vev.cif.gz | 85.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vev.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vev | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit 1 is generated by chain A (x,y,z (1_555),1-y,1-x,1/2-z(8_665)). / The biological unit 2 is generated by chain B (x,y,z (1_555),1+y,-1+x,-z(7_645)). |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20274.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア) プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q93LE9, ペプチドデホルミラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4M formate sodium, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→43.91 Å / Num. all: 24689 / Num. obs: 21663 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / % possible all: 75.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB id 1SV2 解像度: 2.51→43.91 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→43.91 Å
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拘束条件 |
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