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万見
- PDB-1vec: Crystal structure of the N-terminal domain of rck/p54, a human DE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vec
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of rck/p54, a human DEAD-box protein
要素ATP-dependent RNA helicase p54
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA HELICASE / DEAD-BOX PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / viral RNA genome packaging / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / P-body assembly / RISC complex / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / stress granule assembly / helicase activity / P-body ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / viral RNA genome packaging / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / P-body assembly / RISC complex / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / stress granule assembly / helicase activity / P-body / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / RNA helicase activity / negative regulation of translation / RNA helicase / cadherin binding / protein domain specific binding / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Hogetsu, K. / Matsui, T. / Yukihiro, Y. / Tanaka, M. / Sato, T. / Kumasaka, T. / Tanaka, N.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2006
タイトル: Structural insight of human DEAD-box protein rck/p54 into its substrate recognition with conformational changes
著者: Matsui, T. / Hogetsu, K. / Usukura, J. / Sato, T. / Kumasaka, T. / Akao, Y. / Tanaka, N.
履歴
登録2004年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase p54
B: ATP-dependent RNA helicase p54
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4424
ポリマ－46,2262
非ポリマー2152
水5,855325
1
A: ATP-dependent RNA helicase p54
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1782
ポリマ－23,1131
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase p54
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2632
ポリマ－23,1131
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: ATP-dependent RNA helicase p54
ヘテロ分子

B: ATP-dependent RNA helicase p54
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4424
ポリマ－46,2262
非ポリマー2152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1210 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.520, 73.140, 84.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase p54 / RCK / DEAD-box protein 6


分子量: 23113.076 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMRCK / プラスミド: PTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P26196
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG3350, di-sodium tartrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→29.9 Å / Num. all: 52406 / Num. obs: 52054 / % possible obs: 99.3 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5271 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QDE

1qde


解像度: 2.01→29.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 116477.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2534 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.198 ---
obs0.198 51717 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.4738 Å2 / ksol: 0.335418 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--3.08 Å20 Å2
3----3.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3232 0 11 325 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 366 4.7 %
Rwork0.284 7477 -
obs-7477 88.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TAR_XPLOR_PARAMTAR_XPLOR_TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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