PDB-1ve6: Crystal structure of an acylpeptide hydrolase/esterase from Aerop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ve6

タイトル

Crystal structure of an acylpeptide hydrolase/esterase from Aeropyrum pernix K1

要素

Acylamino-acid-releasing enzyme

キーワード

HYDROLASE / beta propeller domain / alpha/beta hydrolase domain

機能・相同性

機能・相同性情報

acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bartlam, M. / Wang, G. / Gao, R. / Yang, H. / Zhao, X. / Xie, G. / Cao, S. / Feng, Y. / Rao, Z.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of an acylpeptide hydrolase/esterase from Aeropyrum pernix K1
著者: Bartlam, M. / Wang, G. / Yang, H. / Gao, R. / Zhao, X. / Xie, G. / Cao, S. / Feng, Y. / Rao, Z.

履歴

登録	2004年3月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ve6.cif.gz	236.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ve6.ent.gz	187.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ve6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ve6_validation.pdf.gz	792.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ve6_full_validation.pdf.gz	813.3 KB	表示
XML形式データ	1ve6_validation.xml.gz	47.7 KB	表示
CIF形式データ	1ve6_validation.cif.gz	68.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1ve6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1ve6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ve7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ve7-1 2qzp-2 1ve7-2 6k7q-2 2qzp-1 1j5x-2 1fvp-d 5e3x-d 6pf6-2 4dws-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acylamino-acid-releasing enzyme

B: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.730, 104.739, 170.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Acylamino-acid-releasing enzyme / AARE / Acyl-peptide hydrolase / APH / Acylaminoacyl-peptidase

分子量: 63108.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aeropyrum pernix (古細菌) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YBQ2, acylaminoacyl-peptidase

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 % / 解説: the file contains Friedel pairs
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, NaAC, DTT, EDTA, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9795, 0.9799, 0.9800

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月30日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9799	1
3	0.98	1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 118700 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.77 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: the file contains Friedel pairs

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	6134	-	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
all	0.207	124834	-	-
obs	0.207	118700	95.3 %	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.18 Å	0.08 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8748	0	52	549	9349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.93

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.23 Å / R_factor R_free error: 0.008

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	950	-
R_work	0.192	-	-
obs	-	18473	88.7 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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