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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uuv | ||||||
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タイトル | NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE WITH NITRIC OXIDE AND INDOLE BOUND IN THE ACTIVE SITE. | ||||||
要素 | (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ...ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NON-HEME IRON DIOXYGENASE / ENZYME-SUBSTRATE COMPLEX (酵素) / AROMATIC HYDROCARBONS CATABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Karlsson, A. / Parales, J.V. / Parales, R.E. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005 タイトル: No Binding to Naphthalene Dioxygenase. 著者: Karlsson, A. / Parales, J.V. / Parales, R.E. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uuv.cif.gz | 153.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uuv.ent.gz | 118.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uuv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uuv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | THE ACTIVE ENZYME IS A ALPHA3BETA3 HEXAMERGENERATED BY THE THREEFOLD. |
-要素
-NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49664.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ) 株: NCIB9816-4 / プラスミド: PDTG14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) 参照: UniProt: P23094, UniProt: P0A110*PLUS, ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22969.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ) 株: NCIB9816-4 / プラスミド: PDTG14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) 参照: UniProt: P23095, UniProt: P0A112*PLUS, ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ |
-非ポリマー , 7種, 475分子
#3: 化合物 | ChemComp-FES / | ||||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-IND / | #6: 化合物 | ChemComp-NO / | #7: 化合物 | ChemComp-FE / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % |
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結晶化 | pH: 6 詳細: AMMONIUM SULPHATE 2M, MES 0.1M, DIOXANE 2-3%, pH 6.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→25 Å / Num. obs: 92741 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.71 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EG9 解像度: 1.65→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.446 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE RESIDUES ASP 448, ARG 449 AND MET 501 WERE NOT INCLUDED IN THE SEARCH-MODEL AND NO DENSITY CAN BE SEEN FOR THESE RESIDUES IN THE MAP.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25 Å
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拘束条件 |
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