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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ujv | ||||||
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タイトル | Solution structure of the second PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase inverted-2 (MAGI-2) | ||||||
要素 | MEMBRANE ASSOCIATED GUANYLATE KINASE INVERTED-2 (MAGI-2) | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / atrophin-1 interacting protein 1 / PDZ domain (PDZドメイン) / structural genomics (構造ゲノミクス) / KIAA0705 protein / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 planar cell polarity pathway involved in axis elongation / type II activin receptor binding / podocyte development / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis / negative regulation of activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / Nephrin family interactions ...planar cell polarity pathway involved in axis elongation / type II activin receptor binding / podocyte development / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis / negative regulation of activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / Nephrin family interactions / ciliary base / receptor clustering / SMAD binding / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of receptor internalization / photoreceptor outer segment / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / bicellular tight junction / phosphatase binding / photoreceptor inner segment / 中心小体 / negative regulation of cell migration / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of neuron projection development / cell-cell junction / signaling receptor complex adaptor activity / late endosome / nervous system development / postsynaptic density / negative regulation of cell population proliferation / 中心体 / 樹状突起 / シナプス / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / protein-containing complex / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Nameki, N. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the second PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase inverted-2 (MAGI-2) 著者: Nameki, N. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX Determination method: author determined |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ujv.cif.gz | 538.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ujv.ent.gz | 450.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ujv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9916.074 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: KAZUSA cDNA hg03359 / プラスミド: P021030-28 / 参照: UniProt: Q86UL8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.3mM PDZ domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |