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- PDB-1uiw: Crystal Structures of Unliganded and Half-Liganded Human Hemoglob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uiw
タイトルCrystal Structures of Unliganded and Half-Liganded Human Hemoglobin Derivatives Cross-Linked between Lys 82beta1 and Lys 82beta2
要素
  • Hemoglobin alpha chain
  • Hemoglobin beta chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / cross-link hemoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BUT-2-ENEDIAL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Park, S.-Y. / Shibayama, N. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of unliganded and half-liganded human hemoglobin derivatives cross-linked between Lys 82beta1 and Lys 82beta2
著者: Park, S.-Y. / Shibayama, N. / Hiraki, T. / Tame, J.R.H.
履歴
登録2003年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha chain
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin alpha chain
D: Hemoglobin beta chain
E: Hemoglobin alpha chain
F: Hemoglobin beta chain
G: Hemoglobin alpha chain
H: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,26218
ポリマ－124,1628
非ポリマー5,10010
水33,6881870
1
A: Hemoglobin alpha chain
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin alpha chain
D: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6319
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,5505
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin alpha chain
F: Hemoglobin beta chain
G: Hemoglobin alpha chain
H: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6319
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,5505
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11640 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area24820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.137, 96.338, 102.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-2FU / BUT-2-ENEDIAL / 2-ブテンジア-ル


分子量: 84.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: small tubes / pH: 6.6 / 詳細: PEG6000, pH 6.60, SMALL TUBES, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11 %Hb11
210 %PEG600011
3100 mM11KCl
410 mMpotassium phosphate11pH7.0
55 mMsodium dithionite11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→29 Å / Num. obs: 182747 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.176 / % possible all: 74.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 29 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. measured all: 684867
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BIJ

1bij


解像度: 1.5→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.288 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The resolution range low for the refinement is larger than for the experiment because of an error through integral calculus
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20531 9559 5 %RANDOM
Rwork0.17184 ---
obs0.17349 182747 100 %-
all-684867 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.2 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8759 0 356 1870 10985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0219412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5622.05712885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9451138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.23320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6371.55710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19429129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14833702
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2364.53756
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.255 515
Rwork0.213 10223
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5.1.22 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 29 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.205 / Rfactor Rwork: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.562

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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