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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uc0 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of wild-type hen-egg white lysozyme singly labeled with 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of N-acetyllactosamine | |||||||||
要素 | Lysozyme C | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Protein-carbohydrate complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Muraki, M. / Harata, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.RECOG. / 年: 2003 タイトル: X-ray structural analysis of the ligand-recognition mechanism in the dual-affinity labeling of c-type lysozyme with 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of N-acetyllactosamine 著者: Muraki, M. / Harata, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uc0.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uc0.ent.gz | 27 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uc0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/1uc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/1uc0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: sodium acetate, sodium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used microseeding |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 50 mM / 一般名: sodium acetate / 詳細: pH4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→27.6 Å / Num. obs: 74009 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.258 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10897 / 冗長度: 6.8 % / Num. measured all: 74099 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Wild-type Hen-egg white lysozyme 解像度: 1.85→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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