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- PDB-1tt5: Structure of APPBP1-UBA3-Ubc12N26: a unique E1-E2 interaction req... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tt5
タイトルStructure of APPBP1-UBA3-Ubc12N26: a unique E1-E2 interaction required for optimal conjugation of the ubiquitin-like protein NEDD8
要素
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 M
  • amyloid protein-binding protein 1アミロイド
  • ubiquitin-activating enzyme E1C isoform 1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / LIGASE (リガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs ...E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of neuron apoptotic process / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / protein modification process / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / シグナル伝達 / protein-containing complex / タンパク質分解 / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit APP-BP1 / E2 binding / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / E2 binding domain / E2_bind / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. ...NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit APP-BP1 / E2 binding / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / E2 binding domain / E2_bind / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin-like (UB roll) / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Roll / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Huang, D.T. / Miller, D.W. / Mathew, R. / Cassell, R. / Holton, J.M. / Roussel, M.F. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / : 2004
タイトル: A unique E1-E2 interaction required for optimal conjugation of the ubiquitin-like protein NEDD8.
著者: Huang, D.T. / Miller, D.W. / Mathew, R. / Cassell, R. / Holton, J.M. / Roussel, M.F. / Schulman, B.A.
履歴
登録2004年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Residue B SER 608 and Residue B VAL 701 are not linked. Distance of C-N bond is 6.15. ...SEQUENCE Residue B SER 608 and Residue B VAL 701 are not linked. Distance of C-N bond is 6.15. Residue B THR 384 and Residue B ASN 601 are linked together. The residues 600-1008 of chains B and D were modelled as alanines due to poor electron density. The residue names were assigned arbitrarily as there are multiple possible sequences consistent with the density, and the connectivity is unclear.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amyloid protein-binding protein 1
B: ubiquitin-activating enzyme E1C isoform 1
C: amyloid protein-binding protein 1
D: ubiquitin-activating enzyme E1C isoform 1
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 M
F: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,4298
ポリマ-223,2986
非ポリマー1312
5,368298
1
A: amyloid protein-binding protein 1
B: ubiquitin-activating enzyme E1C isoform 1
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7144
ポリマ-111,6493
非ポリマー651
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area39620 Å2
手法PISA
2
C: amyloid protein-binding protein 1
D: ubiquitin-activating enzyme E1C isoform 1
F: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7144
ポリマ-111,6493
非ポリマー651
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area38630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.410, 122.770, 195.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 amyloid protein-binding protein 1 / アミロイド / APPBP1


分子量: 59973.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 4502169, UniProt: Q13564*PLUS
#2: タンパク質 ubiquitin-activating enzyme E1C isoform 1 / UBA3 / Nedd8-activating enzyme hUba3


分子量: 48799.812 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 33-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 38045942, UniProt: Q8TBC4*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-conjugating enzyme E2 M / UBC12N26 / Ubiquitin-protein ligase M / Ubiquitin carrier protein M / Nedd8-conjugating enzyme Ubc12


分子量: 2875.364 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-26 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2M, UBC12 / プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61081
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 19-ID1
シンクロトロンALS 8.3.12
シンクロトロンNSLS X253
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→18 Å / Num. obs: 67222

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→18 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.279 3377 random
Rwork0.237 --
all-69023 -
obs-67217 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.555 Å20 Å20 Å2
2--3.503 Å20 Å2
3----13.059 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14337 0 2 298 14637
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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