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- PDB-1tjl: Crystal structure of transcription factor DksA from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tjl
タイトルCrystal structure of transcription factor DksA from E. coli
要素DnaK suppressor protein
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DksA / transcription factor (転写因子) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / stringent response / ppGpp / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / double-strand break repair / 遺伝子発現の調節 / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DksA, coiled-coil domain / : / DnaK suppressor protein DksA, coiled-coil domain / RNA polymerase-binding transcription factor DksA / DksA, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, DksA/TraR C4-type conserved site / Zinc finger, DksA/TraR C4-type, bacteria / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger. / Zinc finger, DksA/TraR C4-type / Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger ...DksA, coiled-coil domain / : / DnaK suppressor protein DksA, coiled-coil domain / RNA polymerase-binding transcription factor DksA / DksA, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, DksA/TraR C4-type conserved site / Zinc finger, DksA/TraR C4-type, bacteria / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger. / Zinc finger, DksA/TraR C4-type / Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger profiles. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase-binding transcription factor DksA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Perederina, A. / Svetlov, V. / Vassylyeva, M.N. / Artsimovitch, I. / Yokoyama, S. / Vassylyev, D.G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Regulation through the secondary channel--structural framework for ppGpp-DksA synergism during transcription
著者: Perederina, A. / Svetlov, V. / Vassylyeva, M.N. / Tahirov, T.H. / Yokoyama, S. / Artsimovitch, I. / Vassylyev, D.G.
履歴
登録2004年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaK suppressor protein
B: DnaK suppressor protein
C: DnaK suppressor protein
D: DnaK suppressor protein
E: DnaK suppressor protein
F: DnaK suppressor protein
G: DnaK suppressor protein
H: DnaK suppressor protein
I: DnaK suppressor protein
J: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,20220
ポリマ－175,54810
非ポリマー65410
水18,4111022
1
A: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6202
ポリマ－17,5551
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
A: DnaK suppressor protein
C: DnaK suppressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2404
ポリマ－35,1102
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.319, 96.593, 117.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The likely biological assembly is monomer. There are ten monomers of DksA in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
DnaK suppressor protein / DksA / transcription factor


分子量: 17554.787 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: DksA / プラスミド: pVS11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABS1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.0, 1.28270, 1.28300
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.28271
31.2831
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 137829 / Num. obs: 135624 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 13234 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→38.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2378304.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 6619 4.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.233 137829 --
obs0.228 134935 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 82.2456 Å2 / ksol: 0.348578 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---3.03 Å20 Å2
3---3.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11790 0 10 1022 12822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.652.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 1121 5.3 %
Rwork0.321 20116 -
obs--93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMTOPH19_1.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.ION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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