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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t6y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ADP, AMP, and FMN bound TM379 | ||||||
要素 | riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE (転移酵素) / Crystal (結晶) / FAD Synthetase / ADP (アデノシン二リン酸) / AMP / FMN / X-ray crystallography (X線回折) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 riboflavin metabolic process / riboflavin kinase / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Shin, D.H. / Wang, W. / Kim, R. / Yokota, H. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of ADP bound FAD synthetase 著者: Shin, D.H. / Wang, W. / Kim, R. / Yokota, H. / Kim, S.-H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t6y.cif.gz | 126.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t6y.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/1t6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/1t6y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33665.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) プラスミド: PSJS1244 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZW1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, sodium citrate, glycerol, propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月10日 / 詳細: Monochromator |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 16364 / Num. obs: 16249 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 138.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 791662.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.2415 Å2 / ksol: 0.294702 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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