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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1son | ||||||
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タイトル | ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE IN COMPLEX WITH THE NATURAL FEEDBACK INHIBITOR AMP | ||||||
要素 | ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASEアデニロコハク酸シンターゼ | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / PURINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / GTP-HYDROLYZING ENZYME / HERBICIDE (除草剤) / SYNTHETASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アデニロコハク酸シンターゼ / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding ...アデニロコハク酸シンターゼ / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Cowan-Jacob, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: The mode of action and the structure of a herbicide in complex with its target: binding of activated hydantocidin to the feedback regulation site of adenylosuccinate synthetase. 著者: Fonne-Pfister, R. / Chemla, P. / Ward, E. / Girardet, M. / Kreuz, K.E. / Honzatko, R.B. / Fromm, H.J. / Schar, H.P. / Grutter, M.G. / Cowan-Jacob, S.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Refined Crystal Structures of Unligated Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli 著者: Silva, M.M. / Poland, B.W. / Hoffman, C.R. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli. Evidence for Convergent Evolution of GTP-Binding Domains 著者: Poland, B.W. / Silva, M.M. / Serra, M.A. / Cho, Y. / Kim, K.H. / Harris, E.M. / Honzatko, R.B. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Preliminary X-Ray Crystallographic Study of Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli 著者: Serra, M.A. / Bass, M.B. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1son.cif.gz | 85.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1son.ent.gz | 68.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1son.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1son ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1son | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47269.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PUR A STRAIN H1238 参照: UniProt: P0A7D4, アデニロコハク酸シンターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.6 / 詳細: pH 8.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20-25 ℃ / pH: 7.7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月13日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→28 Å / Num. obs: 17293 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 99.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT 開始モデル: 1SOO 解像度: 2.55→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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