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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sn4 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF SCORPION NEUROTOXIN BMK M4 | ||||||
要素 | PROTEIN (NEUROTOXIN BMK M4) | ||||||
キーワード | TOXIN / NEUROTOXIN / SODIUM CHANNEL INHIBITOR / SCORPION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel inhibitor activity / : / defense response / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mesobuthus martensii (サソリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | He, X.L. / Li, H.M. / Liu, X.Q. / Zeng, Z.H. / Wang, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structures of two alpha-like scorpion toxins: non-proline cis peptide bonds and implications for new binding site selectivity on the sodium channel. 著者: He, X.L. / Li, H.M. / Zeng, Z.H. / Liu, X.Q. / Wang, M. / Wang, D.C. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of Toxin II from the Scorpion Androctonus Australis Hector Refined at 1.3 A Resolution 著者: Housset, D. / Habersetzer-Rochat, C. / Astier, J.P. / Fontecilla-Camps, J.C. #2: ジャーナル: Zool.Res.Sinica. / 年: 1989 タイトル: Purification and Partial Characterization of Several New Neurotoxins from East_ Asia Scorpion Crystallographic Studies on an Acidic Toxin from Scorpion Buthus Martensii Karsch 著者: Hu, R.Q. / Wang, M. / LIU, J.N. / LEI, K.J. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structure of Scorpion Toxin Variant-3 at 1.2 A Resolution 著者: Zhao, B. / Carson, M. / Ealick, S.E. / Bugg, C.E. #4: ジャーナル: Toxicon / 年: 1997 タイトル: Purification and Sequence Determination of a New Neutral Mammalian Neurotoxin from the Scorpion Buthus Martensii Karsch 著者: Luo, M.J. / Xiong, Y.M. / Wang, M. / Wang, D.C. / Chi, C.W. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of an Acidic Neurotoxin from Scorpion Buthus Martensii Karsch at 1.85A Resolution 著者: Li, H.M. / Wang, D.C. / Jin, L. / ZENG, Z.H. / Hu, R.Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sn4.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sn4.ent.gz | 17.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sn4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sn4_validation.pdf.gz | 377.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sn4_full_validation.pdf.gz | 378.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sn4_validation.xml.gz | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sn4_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7029.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 器官: TAIL / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P45698, UniProt: P58328*PLUS | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→21.3 Å / Num. obs: 10577 / % possible obs: 73.5 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 51.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10578 / Num. measured all: 23268 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: BMK M1 解像度: 1.3→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.343 / % reflection Rfree: 10.8 % / Rfactor Rwork: 0.299 |