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万見
- PDB-1sm4: Crystal Structure Analysis of the Ferredoxin-NADP+ Reductase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sm4
タイトルCrystal Structure Analysis of the Ferredoxin-NADP+ Reductase from Paprika
要素chloroplast ferredoxin-NADP+ oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / ferredoxin-NADP+ reductase activity / 葉緑体 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Βバレル / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / リン酸塩 / Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Capsicum annuum (トウガラシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dorowski, A. / Hofmann, A. / Steegborn, C. / Boicu, M. / Huber, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of paprika ferredoxin-NADP+ reductase. Implications for the electron transfer pathway.
著者: Dorowski, A. / Hofmann, A. / Steegborn, C. / Boicu, M. / Huber, R.
履歴
登録2004年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年3月16日ID: 1FB3
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chloroplast ferredoxin-NADP+ oxidoreductase
B: chloroplast ferredoxin-NADP+ oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6186
ポリマ－66,8572
非ポリマー1,7614
水7,891438
1
A: chloroplast ferredoxin-NADP+ oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3093
ポリマ－33,4281
非ポリマー8812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: chloroplast ferredoxin-NADP+ oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3093
ポリマ－33,4281
非ポリマー8812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.720, 108.980, 90.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 chloroplast ferredoxin-NADP+ oxidoreductase


分子量: 33428.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capsicum annuum (トウガラシ) / プラスミド: PET22B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9M4D2, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: TRIS/HCL, AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
21.9 Mammonium sulfate1reservoir
315.0 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1droppH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 26895 / % possible obs: 83.9 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / % possible all: 83.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 61664
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MAR345データ収集
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FND, poly-Ala

1fnd


解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1381854.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1385 5.6 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 24763 83 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 98.2811 Å2 / ksol: 0.376474 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.42 Å20 Å21.04 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---3.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4690 0 116 438 5244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.173.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.83.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.154
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.267 4269 -
obs--86.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5FAD.PARFAD.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 24312 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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