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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sdr | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA DODECAMER CONTAINING THE ESCHERICHIA COLI SHINE-DALGARNO SEQUENCE | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA (リボ核酸) / A-RNA / DOUBLE HELIX | ||||||
機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Schindelin, H. / Zhang, M. / Bald, R. / Fuerste, J.-P. / Erdmann, V.A. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of an RNA dodecamer containing the Escherichia coli Shine-Dalgarno sequence. 著者: Schindelin, H. / Zhang, M. / Bald, R. / Furste, J.P. / Erdmann, V.A. / Heinemann, U. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: A Single Base Change in the Shine-Dalgarno Region of 16s RRNA of Escherichia Coli Affects Translation of Many Proteins 著者: Jacobs, W.F. / Santer, M. / Dahlberg, A.E. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: Specialized Ribosome Systems: Preferential Translation of a Single MRNA Species by a Subpopulation of Mutated Ribosomes in Escherichia Coli 著者: Hui, A. / De Boer, H.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sdr.cif.gz | 35.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sdr.ent.gz | 24.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sdr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/1sdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/1sdr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.72859, -0.12371, -0.67368), ベクター: |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3916.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: RNA鎖 | 分子量: 3693.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 32 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→8 Å / Num. obs: 3050 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.74 Å / % possible obs: 81.2 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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