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- PDB-1s40: SOLUTION STRUCTURE OF THE CDC13 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s40
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE CDC13 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A SINGLE-STRANDED TELOMERIC DNA 11-MER
要素
  • 5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G)-3'
  • Cell division control protein 13
キーワードCELL CYCLE/DNA / ssDNA (デオキシリボ核酸) / single-stranded nucleic acid / recognition / specificity / cdc13 / OB-fold / telomere (テロメア) / CELL CYCLE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / ribonucleoprotein complex localization / telomerase inhibitor activity / translation elongation factor binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear telomere cap complex / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance via telomerase ...CST complex / ribonucleoprotein complex localization / telomerase inhibitor activity / translation elongation factor binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear telomere cap complex / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / chromosome, telomeric region / 細胞周期 / 細胞分裂 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 ...Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Cell division control protein 13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics
データ登録者Mitton-Fry, R.M. / Anderson, E.M. / Theobald, D.L. / Glustrom, L.W. / Wuttke, D.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2004
タイトル: Structural basis for telomeric single-stranded DNA recognition by yeast Cdc13
著者: Mitton-Fry, R.M. / Anderson, E.M. / Theobald, D.L. / Glustrom, L.W. / Wuttke, D.S.
履歴
登録2004年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G)-3'
A: Cell division control protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0512
ポリマ-27,0512
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with acceptable covalent geometry, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G)-3'


分子量: 3476.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Cell division control protein 13


分子量: 23575.127 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC13, YDL220C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32797

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
1444D 13C/15N-separated NOESY
1554D 13C-separated NOESY
166Isotope filtered NOESY
177Select-filtered NOESY
NMR実験の詳細Text: Models superimposed using Douglas Theobald's THESEUS program for multiple superpositions, variance-weighted simultaneous superpositioning. The final weighted RMSD from the mean is 0.64152A over ...Text: Models superimposed using Douglas Theobald's THESEUS program for multiple superpositions, variance-weighted simultaneous superpositioning. The final weighted RMSD from the mean is 0.64152A over all alpha-carbon atoms

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試料調製

詳細内容: 0.8-1.5mM unlabeled, 15N-labeled or 13C,15N-labeled protein; 0.9-1.7mM ssDNA; 50mM imidazole-d4, pH or pD* 7.0; 150mM NaCl; 100mM Na2SO4; 0.02% NaN3; 2mM DTT-d10 in 10% D2O/90% H2O or 100% D2O
溶媒系: 10% D2O/90% H2O or 100% D2O
試料状態イオン強度: 150mM NaCl, 100mM Na2SO4 / pH: 7.0 / : ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian UNITYVarianUNITY5002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Baxデータ解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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