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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rse | ||||||
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タイトル | MYOGLOBIN (HORSE HEART) MUTANT WITH SER 92 REPLACED BY ASP (S92D) | ||||||
要素 | HORSE HEART MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Burk, D.L. / Brayer, G.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Electrostatic modification of the active site of myoglobin: characterization of the proximal Ser92Asp variant. 著者: Lloyd, E. / Burk, D.L. / Ferrer, J.C. / Maurus, R. / Doran, J. / Carey, P.R. / Brayer, G.D. / Mauk, A.G. #1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1991 タイトル: Expression in Escherichia Coli of a Synthetic Gene Coding for Horse Heart Myoglobin 著者: Guillemette, J.G. / Matsushima-Hibiya, Y. / Atkinson, T. / Smith, M. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: High-Resolution Study of the Three-Dimensional Structure of Horse Heart Metmyoglobin 著者: Evans, S.V. / Brayer, G.D. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988 タイトル: Horse Heart Metmyoglobin. A 2.8-A Resolution Three-Dimensional Structure Determination 著者: Evans, S.V. / Brayer, G.D. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Data for Horse Heart Metmyoglobin 著者: Sherwood, C. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rse.cif.gz | 44.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rse.ent.gz | 31.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rse_validation.pdf.gz | 475.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rse_full_validation.pdf.gz | 480.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rse_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rse_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/1rse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/1rse | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17011.525 Da / 分子数: 1 / 変異: S92D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | HOH 156 IS COVALENTLY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月28日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 11967 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 45864 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |