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- PDB-1rik: E6-binding zinc finger (E6apc1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rik
タイトルE6-binding zinc finger (E6apc1)
要素E6apc1 peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / E6-binding domain / zinc finger (ジンクフィンガー) / human papillomavirus (ヒトパピローマウイルス) / HPV E6 protein
手法溶液NMR / dynamical annealing
データ登録者Liu, Y. / Liu, Z. / Androphy, E. / Chen, J. / Baleja, J.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2004
タイトル: Design and characterization of helical peptides that inhibit the E6 protein of papillomavirus.
著者: Liu, Y. / Liu, Z. / Androphy, E. / Chen, J. / Baleja, J.D.
履歴
登録2003年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
Remark 999SEQUENCE The peptide was N-terminally acetylated and C-terminally amidated, the coordinates do not ...SEQUENCE The peptide was N-terminally acetylated and C-terminally amidated, the coordinates do not reflect these modifications

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E6apc1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5651
ポリマ-3,5651
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 50all calculated structures submitted
代表モデルモデル #33closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド E6apc1 peptide


分子量: 3565.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D TOCSY
2212D NOESY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 to 3.0mM peptide, 10mM deuterated imidazole, 4mM ZnSO4, 1mM deuterated DTT, at pH 6.0, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 to 3.0mM peptide, 10mM deuterated imidazole, 4mM ZnSO4, 1mM deuterated DTT, at pH 6.0, 99.96% D2O99.96% D2O
試料状態イオン強度: 10mM deuterated imidazole, 4mM ZnSO4, 1mM deuterated DTT,
pH: 6.0 / : ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker BioSpin GmbHcollection
XwinNMR3.5Bruker BioSpin GmbH解析
CNS1.1Brunger, et al.構造決定
CNS1.1Brunger, et al.精密化
精密化手法: dynamical annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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