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- PDB-1rg6: Solution structure of the C-terminal domain of p63 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rg6
タイトルSolution structure of the C-terminal domain of p63
要素second splice variant p63
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / P73 SAM-LIKE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / skin morphogenesis / WW domain binding / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / positive regulation of stem cell proliferation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / epithelial cell development / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of cellular senescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of osteoblast differentiation / MDM2/MDM4 family protein binding / establishment of skin barrier / Pyroptosis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Notchシグナリング / keratinocyte differentiation / skeletal system development / stem cell proliferation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Metabolic Genes / protein tetramerization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 細胞老化 / p53 binding / 精子形成 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / 樹状突起 / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / Transcription Factor, Ets-1 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p63, SAM domain / Transcription Factor, Ets-1 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cadot, B. / Candi, E. / Cicero, D.O. / Desideri, A. / Mele, S. / Melino, G. / Paci, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the C-terminal domain of p63
著者: Cadot, B. / Candi, E. / Cicero, D.O. / Desideri, A. / Mele, S. / Melino, G. / Paci, M.
履歴
登録2003年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: second splice variant p63


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5261
ポリマ－8,5261
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #19closest to the average

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要素

#1: タンパク質 second splice variant p63


分子量: 8525.659 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (residues 501-575) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: p63 / プラスミド: pGEXsx2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H3D4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-1H-15N TOCSY, 3D 1H-1H-15N NOESY, 3D HNHA, 2D 1H-15N HSQC
2223D HNCA, 3D HNCO, 3D CBCA(co)NH, 3D CBCANH, 3D HBHA(co)NH, H1 -C13 HSQC
3333D HACACO, 3D (H)CCH TOCSY, 3D (H)CCH TOCSY, 3D (H)CCH COSY, 3D (H)CCH COSY, 3D C13, N15 edited NOESY
4442D 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy and residual dipolar coupling experiment

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75mM p63 U-15N, 25mM sodium posphate, 150mM sodium chloride, 1mM AEBSF, 3mM DTT, 95% H20, 5%D2O95% H20, 5%D2O
20.25mM p63 U-15N U-13C, 25mM sodium posphate, 150mM sodium chloride, 1mM AEBSF, 3mM DTT, 95% H20, 5%D2O95% H20, 5%D2O
30.25mM p63 U-15N U-13C, 25mM sodium posphate, 150mM sodium chloride, 1mM AEBSF, 3mM DTT, 100% D2O100% D2O
40.75mM p63 U-15N, 25mM sodium posphate, 150mM sodium chloride, 1mM AEBSF, 3mM DTT, phagephage
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1150mM NaCl 6 ambient 298 K
2150mM NaCl 6 ambient 298 K
3150mM NaCl 6 ambient 298 K
4150mM NaCl 6 ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3Brukercollection
NMRPipe970271256Delaglio解析
X-PLOR3.85Brunger構造決定
NMRView5Johnsonデータ解析
X-PLOR3.85Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on NOE-derived distance constraints, dihedral angle restraints, distance restraints from hydrogen bonds, costant coupling constants and residual dipolar coupling
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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