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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rf0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen | ||||||
要素 |
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キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / BLOOD COAGULATION (凝固・線溶系) / FIBRINOGEN (フィブリノゲン) / FIBRINOGEN FRAGMENT D / RECOMBINANT FIBRINOGEN FRAGMENT D / RECOMBINANT FIBRINOGEN gammaE132A / fragment D of gammaE132A fibrinogen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) ...platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of exocytosis / positive regulation of peptide hormone secretion / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / protein polymerization / Integrin cell surface interactions / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of vasoconstriction / fibrinolysis / cell adhesion molecule binding / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 血小板 / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / 細胞皮質 / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / 獲得免疫系 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / 自然免疫系 / シナプス / structural molecule activity / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Kostelansky, M.S. / Gorkun, O.V. / Lord, S.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Calcium-Binding Site beta2, Adjacent to the "b" Polymerization Site, Modulates Lateral Aggregation of Protofibrils during Fibrin Polymerization. 著者: Kostelansky, M.S. / Lounes, K.C. / Ping, L.F. / Dickerson, S.K. / Gorkun, O.V. / Lord, S.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rf0.cif.gz | 275.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rf0.ent.gz | 221.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rf0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/1rf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/1rf0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 7747.030 Da / 分子数: 2 / 断片: Fibrinogen alpha/alpha-E Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGA / プラスミド: p767 / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P02671 #2: タンパク質 | 分子量: 35940.215 Da / 分子数: 2 / 断片: Fibrinogen Bbeta Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGB / プラスミド: p767 / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P02675 #3: タンパク質 | 分子量: 35159.957 Da / 分子数: 2 / 断片: Fibrinogen gamma chain / Mutation: E132A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGG / プラスミド: p767 / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P02679 |
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-糖 , 1種, 2分子
#4: 糖 |
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-非ポリマー , 2種, 122分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98389 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月11日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) |
放射 | モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98389 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→18 Å / Num. all: 46581 / Num. obs: 46581 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4570 / Rsym value: 0.408 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 18 Å / Num. measured all: 186713 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.408 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: rigid body refinement 開始モデル: 1LT9 解像度: 2.81→17.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1750722.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.0889 Å2 / ksol: 0.318139 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→17.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 18 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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