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万見
- PDB-1r59: Enterococcus casseliflavus glycerol kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r59
タイトルEnterococcus casseliflavus glycerol kinase
要素Glycerol kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / リン酸化 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain ...FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yeh, J.I. / Charrier, V. / Paulo, J. / Hou, L. / Darbon, E. / Claiborne, A. / Hol, W.G. / Deutscher, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of conformation to substrate binding and a mechanism of activation by phosphorylation
著者: Yeh, J.I. / Charrier, V. / Paulo, J. / Hou, L. / Darbon, E. / Claiborne, A. / Hol, W.G. / Deutscher, J.
履歴
登録2003年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glycerol kinase
X: Glycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3632
ポリマ－111,3632
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.829, 107.110, 201.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycerol kinase / / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK


分子量: 55681.293 Da / 分子数: 2 / 断片: Glycerol kinase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
遺伝子: GLPK / プラスミド: pOXO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109DE3 / 参照: UniProt: O34153, glycerol kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG400, potassium phosphate, 1,10-phenanthroline, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9788, 0.9791, 0.954, 1.0
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2graphiteMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.97911
30.9541
411
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 40746 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 29592 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→6 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residue (O SER 230 ) and Residue (O VAL 238 ) are linked together. Residue (X SER 230 ) and Residue (X VAL 238 ) are linked togethe.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.243 -random
Rwork0.221 --
all-40746 -
obs-29592 -
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7430 0 0 102 7532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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