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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qv9 | ||||||
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タイトル | Coenzyme F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (Mtd) from Methanopyrus kandleri: A methanogenic enzyme with an unusual quarternary structure | ||||||
要素 | F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / monomer: alpha/beta domain / helix bundle (ヘリックスバンドル) / trimer of dimers | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 メチレンテトラヒドロメタノプテリンデヒドロゲナーゼ / methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / ferredoxin hydrogenase activity / one-carbon metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanopyrus kandleri (メタノピュルス・カンドレリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Hagemeier, C.H. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Bourenkov, G. / Bartunik, H.D. / Ermler, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Coenzyme F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (Mtd) from Methanopyrus kandleri: a methanogenic enzyme with an unusual quarternary structure 著者: Hagemeier, C.H. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Bourenkov, G. / Bartunik, H.D. / Ermler, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qv9.cif.gz | 183.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qv9.ent.gz | 157 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qv9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32213.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (メタノピュルス・カンドレリ) 遺伝子: MTD OR MK0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94951, EC: 1.5.99.9 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Mops/KOH, MPD, Mg acetate, Na phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→20 Å / Num. all: 145808 / Num. obs: 145808 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.62 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 15700 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.54→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 5165889.15 / Data cutoff high rms absF: 5165889.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.0075 Å2 / ksol: 0.406286 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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