PDB-1qqe: CRYSTAL STRUCTURE OF THE VESICULAR TRANSPORT PROTEIN SEC17

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qqe

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE VESICULAR TRANSPORT PROTEIN SEC17

要素

VESICULAR TRANSPORT PROTEIN SEC17

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / HELIX-TURN-HELIX TPR-LIKE REPEAT

機能・相同性

機能・相同性情報

Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / soluble NSF attachment protein activity / Intra-Golgi traffic / SNARE complex disassembly / vesicle fusion with Golgi apparatus / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / vacuole fusion, non-autophagic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-mediated vesicle transport /

SNARE complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Rice, L.M. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the vesicular transport protein Sec17: implications for SNAP function in SNARE complex disassembly.
著者: Rice, L.M. / Brunger, A.T.

履歴

登録	1999年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1999年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qqe.cif.gz	64.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qqe.ent.gz	48.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/1qqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/1qqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ofq-2 2oih-d 2xv6-d 5y7m-1 3hbv-d 3hda-d 1sjf-d 3zx7-d 2ynr-d 3zin-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VESICULAR TRANSPORT PROTEIN SEC17

32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.900, 107.900, 46.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	VESICULAR TRANSPORT PROTEIN SEC17 分子量: 32824.734 Da / 分子数: 1 / 変異: M1I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32602
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 4.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.91 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.9
詳細: POLYETHYLENEIMINE, SODIUM CITRATE, SODIUM CHLORIDE, GLYCEROL, DTT, pH 5.9, MICROBATCH, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	25 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium citrate	1	reservoir
3	200 mM		1	reservoir	NaCl
4	1.5-2. %	polyethyleneimine	1	reservoir
5	3 %	glycerol	1	reservoir
6	10 mM	dithiothreitol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 11997 / Num. obs: 11997 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 90.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.472 / % possible all: 99.3
反射	*PLUS
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.3 % / Mean I/σ(I) obs*: 4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	0.5	精密化
ADSC		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	0.5	位相決定

精密化

解像度: 2.9→19.73 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1407425.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	1098	9.5 %	RANDOM
R_work	0.26	-	-	-
all	0.262	12007	-	-
obs	0.262	11625	96.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 30.45 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.51 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.51 Å	0.48 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.81 Å	0.73 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2216	0	0	4	2220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3.08 Å / R_factor R_free error: 0.024 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.475	378	10.7 %
R_work	0.441	3144	-
obs	-	-	91.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PA	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARA	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 9.5 % / R_factor obs: 0.259 / R_factor R_work: 0.26

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 67.7 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	18.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.72

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.475 / % reflection R_free: 10.7 % / R_factor R_work: 0.441 / R_factor obs: 0.452

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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