[日本語] English
万見
- PDB-1qni: Crystal Structure of Nitrous Oxide Reductase from Pseudomonas nau... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qni
タイトルCrystal Structure of Nitrous Oxide Reductase from Pseudomonas nautica, at 2.4A Resolution
要素NITROUS-OXIDE REDUCTASE亜酸化窒素レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DENITRIFICATION (脱窒) / MAD / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrous-oxide reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / ペリプラズム / copper ion binding / calcium ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
亜酸化窒素レダクターゼ / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal ...亜酸化窒素レダクターゼ / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION / 酸化還元酵素
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS NAUTICA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brown, K. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: A novel type of catalytic copper cluster in nitrous oxide reductase.
著者: Brown, K. / Tegoni, M. / Prudencio, M. / Pereira, A.S. / Besson, S. / Moura, J.J. / Moura, I. / Cambillau, C.
履歴
登録1999年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年6月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _citation.page_last / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
B: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
C: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
D: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
E: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
F: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,55536
ポリマ－391,3816
非ポリマー3,17430
水23,6001310
1
A: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
B: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,51812
ポリマ－130,4602
非ポリマー1,05810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13750 Å2
ΔGint-101.4 kcal/mol
Surface area42760 Å2
手法PQS
2
C: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
D: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,51812
ポリマ－130,4602
非ポリマー1,05810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13540 Å2
ΔGint-99.9 kcal/mol
Surface area42800 Å2
手法PQS
3
E: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
F: NITROUS-OXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,51812
ポリマ－130,4602
非ポリマー1,05810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13470 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area43160 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)211.290, 211.290, 166.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9266, -0.24422, -0.28597), (-0.24636, -0.18031, 0.95226), (-0.28412, 0.95281, 0.10691)181.73224, 122.57094, -58.75915
2given(0.83031, -0.17162, -0.53022), (-0.47625, -0.7126, -0.51515), (-0.28942, 0.68025, -0.67342)-22.18087, 137.6907, -61.4898
3given(-0.57425, -0.67752, -0.45956), (0.76445, -0.24285, -0.5972), (0.29301, -0.69425, 0.65739)138.6917, -6.33528, 8.7709
4given(0.03797, 0.2788, 0.9596), (0.91125, -0.40375, 0.08125), (0.41009, 0.87135, -0.26939)82.62242, -16.00419, -134.53084
5given(-0.37888, 0.85383, 0.35696), (-0.76352, -0.07043, -0.64193), (-0.52296, -0.51577, 0.6786)67.70197, 94.71862, 63.40869
詳細THERE ARE 3 COPIES OF THE BIOMOLECULE WHICH CONSISTS OFA HOMO-DIMERIC-COMPLEX OF BIOPOLYMERS

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
NITROUS-OXIDE REDUCTASE / 亜酸化窒素レダクターゼ


分子量: 65230.176 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOMONAS NAUTICA (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 参照: UniProt: Q7SIA3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1340分子

#2: 化合物
ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#3: 化合物
ChemComp-CUZ / (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION


分子量: 286.249 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu4S
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: pH 9.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1drop
318 %PEG40001reservoir
40.1 MBicine1reservoir
50.6 M1reservoirNaCl
615 %isopropano;1reservoir
710 mMspermine-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8850, 1.3751, 1.3793
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8851
21.37511
31.37931
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 92030 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4539041.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2683 1.8 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
obs0.2277 148914 90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.8973 Å2 / ksol: 0.301225 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.863 Å2-0.441 Å20 Å2
2--11.863 Å20 Å2
3----23.726 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27078 0 60 1310 28448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.8461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4052
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1682.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 431 1.8 %
Rwork0.323 23576 -
obs--88.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る