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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q86 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CCA-Phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the A-site and P-site of the the 50S ribosomal Subunit. | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Ribosome 50S / A-site / P-site / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / RNA-RNA COMPLEX / PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Hansen, J.L. / Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Structural insights into peptide bond formation. 著者: Hansen, J.L. / Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q86.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q86.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q86.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q86 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 4分子 AB56
#1: RNA鎖 | 分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 894.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: CC-phenylalanine-carpiotic acid biotin synthesised by Scott Strobel Lab Yale University. |
+50S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 CDEFGHKLMOPQRSTUVWXYZ234
-タンパク質 , 4種, 4分子 IJN1
#10: タンパク質 | 分子量: 37213.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P15825 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 18022.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60617*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 22856.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60618*PLUS |
#28: タンパク質 | 分子量: 8097.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60619*PLUS |
-非ポリマー , 7種, 8104分子
#32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-NA / #35: 化合物 | ChemComp-CL / #36: 化合物 | #37: 化合物 | ChemComp-CD / #38: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG 6K, KCl, NaCl, MgCl2, NH4Cl, EG, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1JJ2 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 183922.96 / Data cutoff high rms absF: 183922.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.5602 Å2 / ksol: 0.306789 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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