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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pze | ||||||
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タイトル | T.gondii LDH1 apo form | ||||||
要素 | lactate dehydrogenase乳酸脱水素酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADH-dependent / tetramer (四量体) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxylic acid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Kavanagh, K.L. / Elling, R.A. / Wilson, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structure of Toxoplasma gondii LDH1: Active-Site Differences from Human Lactate Dehydrogenases and the Structural Basis for Efficient APAD+ Use. 著者: Kavanagh, K.L. / Elling, R.A. / Wilson, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pze.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pze.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pze.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pze | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35740.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: ME49 / 遺伝子: lactate dehydrogenase / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P90613, 乳酸脱水素酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 24% PEG 1K, 100 mM phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月4日 |
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 24807 / Num. obs: 24776 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 141594 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1LDG 解像度: 1.95→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.1876 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.016 |