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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1py4 | ||||||
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タイトル | Beta2 microglobulin mutant H31Y displays hints for amyloid formations | ||||||
要素 | Beta-2-microglobulin precursor | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / amyloid (アミロイド) / Dialysis related amyloidosis / C-type immunoglobulin / protein mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Rosano, C. / Zuccotti, S. / Mangione, P. / Giorgetti, S. / Bellotti, V. / Pettirossi, F. / Corazza, A. / Viglino, P. / Esposito, G. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: beta2-microglobulin H31Y variant 3D structure highlights the protein natural propensity towards intermolecular aggregation 著者: Rosano, C. / Zuccotti, S. / Mangione, P. / Giorgetti, S. / Bellotti, V. / Pettirossi, F. / Corazza, A. / Viglino, P. / Esposito, G. / Bolognesi, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Preliminary crystallographic characterization of the human beta2 microglobulin in a tetrameric assembly | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1py4.cif.gz | 95.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1py4.ent.gz | 75.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1py4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1py4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1py4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ldsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11904.383 Da / 分子数: 4 / 断片: H31Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / Plasmid details: Site specific mutation / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.32 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4K 31%, glycerol 25%, ammonium acetate 0.2 M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 18871 / Num. obs: 16354 / % possible obs: 99.9 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LDS 解像度: 2.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.813 / SU B: 14.417 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.935 / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.002 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.969 Å / Total num. of bins used: 20 /
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