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- PDB-1pq3: Human Arginase II: Crystal Structure and Physiological Role in Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pq3
タイトルHuman Arginase II: Crystal Structure and Physiological Role in Male and Female Sexual Arousal
要素Arginase II, mitochondrial precursorアルギナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of interleukin-13 production / regulation of interleukin-1 beta production / 尿素回路 / arginine catabolic process to ornithine ...negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of interleukin-13 production / regulation of interleukin-1 beta production / 尿素回路 / arginine catabolic process to ornithine / アルギナーゼ / arginase activity / 尿素回路 / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / ureteric bud development / negative regulation of tumor necrosis factor production / striated muscle contraction / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of cellular senescence / manganese ion binding / 獲得免疫系 / ミトコンドリアマトリックス / 自然免疫系 / ミトコンドリア / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / アルギナーゼ / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE / Arginase-2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cama, E. / Colleluori, D.M. / Emig, F.A. / Shin, H. / Kim, S.W. / Kim, N.N. / Traish, A.M. / Ash, D.E. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Human Arginase II: Crystal Structure and Physiological Role in Male and Female Sexual Arousal
著者: Cama, E. / Colleluori, D.M. / Emig, F.A. / Shin, H. / Kim, S.W. / Kim, N.N. / Traish, A.M. / Ash, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2003年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase II, mitochondrial precursor
B: Arginase II, mitochondrial precursor
C: Arginase II, mitochondrial precursor
D: Arginase II, mitochondrial precursor
E: Arginase II, mitochondrial precursor
F: Arginase II, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,92844
ポリマ－199,3906
非ポリマー3,53838
水7,332407
1
A: Arginase II, mitochondrial precursor
B: Arginase II, mitochondrial precursor
C: Arginase II, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,39821
ポリマ－99,6953
非ポリマー1,70318
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Arginase II, mitochondrial precursor
E: Arginase II, mitochondrial precursor
F: Arginase II, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,53023
ポリマ－99,6953
非ポリマー1,83520
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.994, 142.994, 127.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Arginase II, mitochondrial precursor / アルギナーゼ / Non-hepatic arginase / Kidney-type arginase


分子量: 33231.656 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78540, アルギナーゼ

-
非ポリマー , 5種, 445分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-S2C / S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 210.036 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13BNO5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: Tris, Ammonium Sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17 mg/mlarginase1drop
25 mMBEC1drop
350 mMBicine1droppH8.5
40.10 MTris-HCl1droppH8.3-8.5
53.0 Mammonium sulfate1drop
60.10 MTris-HCl1reservoirpH8.3-8.5
73.0 Mammonium sulfate1reservoir
820 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.916
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: RH-COATED SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 79653 / Num. obs: 75977
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 79653 / % possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 404391 / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.247 3837
Rwork0.227 -
obs0.227 75977
all-79653
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14022 0 170 407 14599
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 --
Rwork0.286 11208 -
obs--89 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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