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万見
- PDB-1p4q: Solution structure of the CITED2 transactivation domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p4q
タイトルSolution structure of the CITED2 transactivation domain in complex with the p300 CH1 domain
要素
  • Cbp/p300-interacting transactivator 2
  • E1A-associated protein p300
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE / helix (螺旋) / protein-protein complex / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic process involved in female pregnancy / left/right pattern formation / pulmonary artery morphogenesis / embryonic heart tube left/right pattern formation / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / nodal signaling pathway / embryonic camera-type eye morphogenesis ...cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic process involved in female pregnancy / left/right pattern formation / pulmonary artery morphogenesis / embryonic heart tube left/right pattern formation / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / nodal signaling pathway / embryonic camera-type eye morphogenesis / sex determination / positive regulation of male gonad development / behavioral defense response / endocardial cushion development / protein propionyltransferase activity / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / 水泳 / peptide butyryltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / 走性 / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / granulocyte differentiation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / lens morphogenesis in camera-type eye / left/right axis specification / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / positive regulation of cell-cell adhesion / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / peptidyl-lysine acetylation / response to fluid shear stress / histone H4 acetyltransferase activity / trophectodermal cell differentiation / histone H3 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / internal peptidyl-lysine acetylation / peripheral nervous system development / cardiac neural crest cell development involved in heart development / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / Polo-like kinase mediated events / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of androgen receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / positive regulation by host of viral transcription / bone morphogenesis / regulation of mitochondrion organization / determination of left/right symmetry / face morphogenesis / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / platelet formation / erythrocyte development / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / megakaryocyte development / TRAF6 mediated IRF7 activation / regulation of tubulin deacetylation / macrophage derived foam cell differentiation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / internal protein amino acid acetylation / STAT family protein binding / acyltransferase activity / ventricular septum morphogenesis / heart looping / fat cell differentiation / LBD domain binding / protein acetylation / Formation of paraxial mesoderm / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / outflow tract morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / skeletal muscle cell differentiation / PI5P Regulates TP53 Acetylation
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2200 / 参照 (書誌学) / 参照 (書誌学) / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily ...Helix Hairpins - #2200 / 参照 (書誌学) / 参照 (書誌学) / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Helix Hairpins / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix non-globular / Special / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone acetyltransferase p300 / Cbp/p300-interacting transactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Freedman, S.J. / Sun, Z.-Y.J. / Kung, A.L. / France, D.S. / Wagner, G. / Eck, M.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha by CITED2.
著者: Freedman, S.J. / Sun, Z.Y. / Kung, A.L. / France, D.S. / Wagner, G. / Eck, M.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Structural basis for recruitment of CBP/p300 by hypoxia-inducible factor-1alpha
履歴
登録2003年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cbp/p300-interacting transactivator 2
B: E1A-associated protein p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4225
ポリマ－17,2262
非ポリマー1963
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 25structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cbp/p300-interacting transactivator 2 / MSG-related protein 1 / MRG1 protein / P35srj


分子量: 5800.417 Da / 分子数: 1 / 断片: transactivation domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CITED2 OR MRG1 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99967
#2: タンパク質 E1A-associated protein p300 / p300


分子量: 11425.289 Da / 分子数: 1 / 断片: cysteine/histidine-rich 1 (CH1) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300 OR P300 / プラスミド: pACYC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q09472, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1353D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM CITED/p300;10mM deut-MES, pH 6.0; 100mM NaCl; 0.1mM ZnSO499.9% D2O
21mM CITED/p300 U-15N;10mM deut-MES, pH 6.0; 100mM NaCl; 0.1mM ZnSO490% H2O/10% D2O
31mM CITED/p300 U-15N;10mM deut-MES, pH 6.0; 100mM NaCl; 0.1mM ZnSO499.9% D2O
41mM CITED/p300 U-15N,13C;10mM deut-MES, pH 6.0; 100mM NaCl; 0.1mM ZnSO490% H2O/10% D2O
51mM CITED/p300 U-15N,13C;10mM deut-MES, pH 6.0; 100mM NaCl; 0.1mM ZnSO499.9% D2O
61mM CITED/p300 10%13C;10mM deut-MES, pH 6.0; 100mM NaCl; 0.1mM ZnSO499.9% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン分類
VNMR5.3collection
PROSA3.7解析
XEASY1.3.13データ解析
CYANA1.0.4構造決定
X-PLOR3.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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