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万見
- PDB-1owh: Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1owh
タイトルSubstituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase
要素Urokinase-type plasminogen activatorウロキナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Plasminogen activation / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Kringle / EGF-like domain (EGF様ドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


ウロキナーゼ / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...ウロキナーゼ / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / tertiary granule membrane / regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of fibrinolysis / specific granule membrane / regulation of cell adhesion / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / 走化性 / 凝固・線溶系 / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-239 / ウロキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Wendt, M.D. / Rockway, T.W. / Geyer, A. / McClellan, W. / Weitzberg, M. / Zhao, X. / Mantei, R. / Nienaber, V.L. / Stewart, K. / Klinghofer, V. / Giranda, V.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Identification of Novel Binding Interactions in the Development of Potent, Selective 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase. Synthesis, Structural Analysis, and SAR of N-Phenyl Amide 6-Substitution.
著者: Wendt, M.D. / Rockway, T.W. / Geyer, A. / McClellan, W. / Weitzberg, M. / Zhao, X. / Mantei, R. / Nienaber, V.L. / Stewart, K. / Klinghofer, V. / Giranda, V.L.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2435
ポリマ－27,6371
非ポリマー6074
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.160, 53.000, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / ウロキナーゼ / uPA / U-plasminogen activator


分子量: 27636.523 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 179-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00749, ウロキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-239 / 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]-2-NAPHTHAMIDE / 6-[N-(4-(AMINOMETHYL)PHENYL)CARBAMYL]-2-NAPHTHALENECARBOXAMIDINE / N-[4-(アミノメチル)フェニル]-6-アミジノ-2-ナフタレンカルボアミド


分子量: 318.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.17 %
結晶化
*PLUS
温度: 18-24 ℃ / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Nienaber, V., (2000) J.Biol.Chem., 275, 7239.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.15 M1reservoirLi2SO4
220 %PEG40001reservoirpH4.8-6.0
36 mg/mlprotein1drop
410 mMcitrate1droppH4.0
53 mMepsilon-aminocaproic acid p-carbethoxyphenyl1drop
61 %1dropMe2SO

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→20.57 Å / Num. all: 30336 / Num. obs: 30336 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12 Å2
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR98精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.61→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2450 10.2 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.211 24085 --
obs0.211 24085 74.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.05 Å-0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1934 0 39 170 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.812
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.212.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 156 9.6 %
Rwork0.314 1463 -
obs--30.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM11.WATTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARVICKI.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION4PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION5207239.XPRM
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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