PDB-1osy: Crystal structure of FIP-Fve fungal immunomodulatory protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1osy

タイトル

Crystal structure of FIP-Fve fungal immunomodulatory protein

要素

IMMUNOMODULATORY PROTEIN FIP-FVE

免疫療法

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

fungal protein /

immunomodulatory (免疫療法) / fibronectin fold /

hemagglutination (赤血球凝集反応) /

lectin (レクチン)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of immune system process /

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Flammulina velutipes (エノキタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Palasingam, P. / Joseph, J.S. / Seow, S.V. / Shai, V. / Robinson, H. / Chua, K.Y. / Kolatkar, P.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: A 1.7A structure of Fve, a member of the new fungal immunomodulatory protein family
著者: Paaventhan, P. / Joseph, J.S. / Seow, S.V. / Vaday, S. / Robinson, H. / Chua, K.Y. / Kolatkar, P.R.

履歴

登録	2003年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1osy.cif.gz	56.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1osy.ent.gz	44.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1osy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2p46-2 3cad-3 2p46-1 4mem-1 5w7j-1 5fk0-6 5lyu-2 5fjw-8 6efa-d 2p4a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IMMUNOMODULATORY PROTEIN FIP-FVE

B: IMMUNOMODULATORY PROTEIN FIP-FVE

ヘテロ分子

26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.118, 97.118, 61.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Cell setting	tetragonal
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	IMMUNOMODULATORY PROTEIN FIP-FVE / 免疫療法分子量: 12741.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Flammulina velutipes (エノキタケ) / 参照: UniProt: P80412
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物分子量: 79.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 400, ammonium sulfate, Tris-base, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

結晶化

*PLUS

温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	2.5 %(w/v)	PEG400	1	reservoir
2	2.0 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	Tris base	1	reservoir	pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9202 Å
検出器	タイプ: PHILLIPS / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月7日
放射	モノクロメーター: Si III Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 32880 / Num. obs: 32880 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 15.319 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 28.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / Num. unique all: 3249 / % possible all: 100
反射	PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all*: 464964
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs*: 3249

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→30.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 2.208 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21016	1650	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18218	-	-	-
all	0.18358	32880	-	-
obs	0.18358	30783	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.666 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1788	0	16	136	1940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.941	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	3	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.899	3	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.844	15	311
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.231	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.3	327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.3	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.31	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.291	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.898	1.5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.603	2	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.292	3	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.839	4.5	663

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.197	114
R_work	0.16	2183

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3236	-0.4538	-0.106	1.6346	-0.1134	0.0319	0.0668	0.0317	0.0266	-0.0158	-0.0508	-0.0656	-0.0111	0.0027	-0.016	0.0826	0.0085	0.0118	0.0528	0.0066	0.0022	31.838	34.413	15.954
2	0.0923	-0.1092	-0.1135	0.6926	-0.016	0.1427	0.0096	0.0276	-0.0212	-0.0046	-0.0327	0.0279	-0.0061	-0.0095	0.0231	0.0638	0.0019	-0.0064	0.0608	-0.0055	0.0227	33.758	2.515	18.421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 113	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 112	1 - 112

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.21 / R_factor R_work: 0.182

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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