+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oqg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the D63E mutant of the N-lobe human transferrin | ||||||
要素 | Serotransferrin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / transferrin mutagenesis / iron binding (鉄) / anion binding (イオン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / positive regulation of phosphorylation / クラスリン / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / positive regulation of phosphorylation / クラスリン / ERK1 and ERK2 cascade / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / ferric iron binding / actin filament organization / ferrous iron binding / Post-translational protein phosphorylation / Iron uptake and transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / regulation of protein stability / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / cellular response to iron ion / recycling endosome / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / antibacterial humoral response / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / blood microparticle / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / エンドソーム / endosome membrane / apical plasma membrane / 小胞体 / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Baker, H.M. / He, Q.-Y. / Brigg, S.K. / Mason, A.B. / Baker, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structural and functional consequences of binding site mutations in transferrin: crystal structures of the Asp63Glu and Arg124Ala mutants of the N-lobe of human transferrin 著者: Baker, H.M. / He, Q.-Y. / Briggs, S.K. / Mason, A.B. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oqg.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1oqg.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oqg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37229.293 Da / 分子数: 1 / 断片: N-lobe / 変異: D63E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNUT / Cell (発現宿主): Baby hamster kidney (BHK) CELLS / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: P02787 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CO3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 3350, potassium acetate, ammonium bicarbonate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年5月8日 / 詳細: osmic confocal |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 27976 / Num. obs: 26077 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Num. unique all: 2511 / % possible all: 90.8 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 91.1 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A8E 解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17 Å2
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å /
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|