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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ops | ||||||
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タイトル | ICE-BINDING SURFACE ON A TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN FROM OCEAN POUT | ||||||
要素 | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN | ||||||
キーワード | ANTIFREEZE PROTEIN (不凍タンパク質) / ICE CRYSTAL GROWTH INHIBITION / PRETZEL FOLD / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Macrozoarces americanus (魚類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, D.S.C. / Hon, W.-C. / Bubanko, S. / Xue, Y. / Seetharaman, J. / Hew, C.L. / Sicheri, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1998 タイトル: Identification of the ice-binding surface on a type III antifreeze protein with a "flatness function" algorithm. 著者: Yang, D.S. / Hon, W.C. / Bubanko, S. / Xue, Y. / Seetharaman, J. / Hew, C.L. / Sicheri, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ops.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ops.ent.gz | 13.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ops.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/1ops ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/1ops | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6750.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOFORM HPLC-3 / 由来: (天然) Macrozoarces americanus (魚類) / 組織: SERUM / 参照: UniProt: P19608 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.05 % 解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY THE METHOD OF ITERATIVE SINGLE ANOMALOUS SCATTERING (B.C. WANG, (1985), METHODS ENZYMOL., 114, P90-117). | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月1日 / 詳細: SUPPER DOUBLE FOCUSING MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 3107 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rsym value: 0.066 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: THE STARTING STRUCTURAL MODEL WAS DETERMINED FROM A CRYSTAL GROWN WITH THE RECOMBINANT, SINGLY-IODINATED PROTEIN, ISOFORM HPLC-6. THIS MODEL IS NOT YET AVAILABLE. 解像度: 2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK ENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.318 |