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- PDB-1ok6: Orthorhombic crystal form of an Archaeal fructose 1,6-bisphosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ok6
タイトルOrthorhombic crystal form of an Archaeal fructose 1,6-bisphosphate aldolase
要素FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
キーワードLYASE / ALDOLASE / FRUCTOSE 1 / 6-BISPHOSPHATE / TIM BARREL / GLYCOLYTIC / ARCHAEAL / ORTHORHOMBIC / SCHIFF BASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aldolase FbaB-like, archaeal-type / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase class 1
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOPROTEUS TENAX (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Zwart, P. / Stark, A. / Hensel, R. / Siebers, B. / Pohl, E.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of an archaeal class I aldolase and the evolution of (betaalpha)8 barrel proteins.
著者: Lorentzen, E. / Pohl, E. / Zwart, P. / Stark, A. / Russell, R.B. / Knura, T. / Hensel, R. / Siebers, B.
履歴
登録2003年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / entity_src_gen / refine
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _refine.ls_percent_reflns_obs
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "IA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "JA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
E: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
F: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
G: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
H: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
I: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
J: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,50311
ポリマ－287,41110
非ポリマー921
水16,502916
1
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
E: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7976
ポリマ－143,7055
非ポリマー921
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
F: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
G: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
H: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
I: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
J: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7055
ポリマ－143,7055
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.900, 176.500, 185.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99996, 0.0083, -0.0044), (-0.00675, 0.30944, -0.9509), (-0.00653, 0.95088, 0.30948)-1.42472, 136.44199, -157.13022
2given(0.99982, 0.00695, -0.01748), (-0.00459, -0.8109, -0.58517), (-0.01824, 0.58514, -0.81073)-1.12122, 328.66281, -75.10992
3given(0.99994, 0.00513, -0.01002), (0.01003, -0.81018, 0.5861), (-0.00512, -0.58616, -0.81018)-0.7657, 309.84802, 130.17494
4given(0.99998, -0.00142, -0.00584), (0.00599, 0.31012, 0.95068), (0.00046, -0.9507, 0.31012)0.32694, 107.33363, 177.75323
5given(-0.99996, -0.00441, 0.00756), (0.00801, -0.80889, 0.5879), (0.00352, 0.58794, 0.8089)180.4019, 309.78061, -101.24377
6given(-0.99992, -0.00391, 0.01194), (-0.0038, -0.81136, -0.58454), (0.01197, -0.58454, 0.81128)180.30048, 328.57874, 104.70187
7given(-0.99989, -0.00759, 0.01306), (-0.01475, 0.30512, -0.9522), (0.00324, -0.95228, -0.3052)180.96823, 138.06003, 186.75951
8given(-0.99999, -0.00299, 0.00134), (-0.003, 0.99999, -0.00376), (-0.00133, -0.00376, -0.99999)180.22672, 0.32156, 29.85572
9given(-0.99997, -0.00428, 0.00572), (0.00412, 0.30773, 0.95146), (-0.00583, 0.95146, -0.3077)180.42378, 107.92429, -148.1765

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要素

#1: タンパク質
FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I / ALDOLASE / FBP ALDOLASE / FBA


分子量: 28741.064 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOPROTEUS TENAX (古細菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P58315, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE = GLYCERONE PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 9% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA ACETATE PH 5.0
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES-NaOH1droppH7.5
3100 mM1dropKCl
41 mMdithiothreitol1drop
59 %(w/v)PEG40001reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.845
検出器日付: 2002年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→20 Å / Num. obs: 106518 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.39→2.47 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 69
反射
*PLUS
最高解像度: 2.39 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.121
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OJX

1ojx


解像度: 2.4→20 Å / SU B: 7.96 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.494 / ESU R Free: 0.277
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2725 2.5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.233 106518 93.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19204 0 6 916 20126
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.39 Å / Num. reflection Rfree: 2735
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.3

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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