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- PDB-1ofz: Crystal structure of fungal lectin : six-bladed beta-propeller fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ofz
タイトルCrystal structure of fungal lectin : six-bladed beta-propeller fold and novel fucose recognition mode for aleuria aurantia lectin
要素FUCOSE-SPECIFIC LECTIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR-BINDING PROTEIN / LECTIN (レクチン) / AAL / FUCOSE (フコース) / ALEURIA AURANTIA LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


reproductive fruiting body development / fucose binding / defense response to fungus / carbohydrate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Fucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種ALEURIA AURANTIA (ヒイロチャワンタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wimmerova, M. / Mitchell, E. / Sanchez, J.F. / Gautier, C. / Imberty, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Fungal Lectin: Six-Bladed {Beta}-Propeller Fold and Novel Fucose Recognition Mode for Aleuria Aurantia Lectin
著者: Wimmerova, M. / Mitchell, E. / Sanchez, J.F. / Gautier, C. / Imberty, A.
履歴
登録2003年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN
B: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,87814
ポリマ－66,9082
非ポリマー1,97012
水21,0051166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint21.15 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.969, 86.406, 77.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.6857, 0.6241, 0.3745), (0.6177, 0.2269, 0.7529), (0.385, 0.7476, -0.5411)
ベクター: 21.6401, -43.8932, 54.1108)

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要素

#1: タンパク質 FUCOSE-SPECIFIC LECTIN / ALEURIA AURANTIA LECTIN


分子量: 33454.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) ALEURIA AURANTIA (ヒイロチャワンタケ)
参照: UniProt: P18891
#2: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細P18891 HAS RESIDUE 139 AS GLY AND 163 AS VAL. ELECTRON DENSITY OF MOLECULE CRYSTALLISED INDICATES ...P18891 HAS RESIDUE 139 AS GLY AND 163 AS VAL. ELECTRON DENSITY OF MOLECULE CRYSTALLISED INDICATES 139 LEU AND 163 ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 %
解説: DATA WERE COLLECTED AT ENERGY REMOTE FROM THE MERCURY ANOMALOUS EDGE
結晶化pH: 6.5
詳細: 2UL BUFFER (0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.2M MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 20% PEG 8000) PLUS 2UL OF LECTIN PROTEIN AT 10 MG/ML AND L-FUCOSE AT 137 UG/ML
結晶
*PLUS
マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
20.2 Mmagnesium acetate tetrahydrate1reservoir
320 %PEG80001reservoir
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月15日 / 詳細: MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.96 Å / Num. obs: 534572 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 18.4 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 94102 / 冗長度: 3.6 % / Num. measured all: 534572 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.5→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.417 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY WITH OCCUPANCY SET TO ZERO.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 1884 2 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs-92216 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4742 0 132 1166 6040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0160.024424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9357100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.439310287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0965664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025897
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2770.25644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.22889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2907
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2890.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.53192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44825113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95431961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9564.51953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.279 107
Rwork0.262 5241
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 92218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.556
X-RAY DIFFRACTIONr_plane_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.165
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.263 / Num. reflection Rwork: 5239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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