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- PDB-1o3s: PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o3s
タイトルPROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEINCAMP receptor protein
キーワードGENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / CAP / CAP-DNA / CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / CAMP RECEPTOR PROTEIN / CRP / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, S. / Ebright, R.H. / Berman, H.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Indirect Readout of DNA Sequence at the Primary-kink Site in the CAP-DNA Complex: Alteration of DNA Binding Specificity Through Alteration of DNA Kinking
著者: Chen, S. / Gunasekera, A. / Zhang, X. / Kunkel, T.A. / Ebright, R.H. / Berman, H.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Indirect Readout of DNA Sequence at the Primary-kink Site in the CAP-DNA Complex: DNA Binding Specificity Based on Energetics of DNA Kinking
著者: Chen, S. / Vojtechovsky, J. / Parkinson, G.N. / Ebright, R.H. / Berman, H.M.
履歴
登録2003年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年4月8日ID: 1DB9
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
C: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1435
ポリマ－30,4843
非ポリマー6582
水64936
1
B: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
C: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN
ヘテロ分子

B: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
C: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,28510
ポリマ－60,9696
非ポリマー1,3174
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)78.050, 78.050, 142.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'


分子量: 3390.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 4549.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / CAMP receptor protein / CAP / CAMP RECEPTOR PROTEIN / CAMP-REGULATORY PROTEIN


分子量: 22544.047 Da / 分子数: 1 / Mutation: GLU181ASP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8
#4: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.23
詳細: PEG 8000, 1,4-DIOXANE, MES, NACL, MGCL2, CAMP, pH 6.23, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
11,4-DIOXANE1,4-ジオキサン11
2MES11
3NACL塩化ナトリウム11
4MGCL211
5CAMP11
6PEG 800011
7PEG 800012
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Chen, S., (2001) J.Mol.Biol., 314, 63.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1-0.2 mMCAP1drop
20.12-0.24 mMprotein1drop
32 mMcAMP1drop
4100 mMMES1droppH6.2
5200 mM1dropNaCl
650 mM1dropMgCl2
75-6 %(w/v)PEG80001drop
818-19 %(v/v)dioxane1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 10382 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 48.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. all: 10511 / Num. obs: 10352 / Num. measured all: 108811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2545210.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 1029 9.9 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.2601 10352 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.27 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.57 Å217.95 Å20 Å2
2--11.57 Å20 Å2
3----23.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1580 527 44 36 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.222.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 147 9 %
Rwork0.316 1481 -
obs--95.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CMP.PARAMCMP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0105
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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