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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o28 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thymidylate Synthase Complementing Protein (TM0449) from Thermotoga maritima with FdUMP at 2.1 A resolution | ||||||
要素 | Thymidylate synthase thyX | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / TM0449 / THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEMENTING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / Joint Center for Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 チミジル酸シンターゼ(FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / メチル化 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Mathews, I.I. / Deacon, A.M. / Canaves, J.M. / McMullan, D. / Lesley, S.A. / Agarwalla, S. / Kuhn, P. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: Functional Analysis of Substrate and Cofactor Complex Structures of a Thymidylate Synthase-Complementing Protein 著者: Mathews, I.I. / Deacon, A.M. / Canaves, J.M. / McMullan, D. / Lesley, S.A. / Agarwalla, S. / Kuhn, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o28.cif.gz | 200.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o28.ent.gz | 160.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/1o28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/1o28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27503.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WYT0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-UFP / #3: 化合物 | ChemComp-EPE / #4: 化合物 | ChemComp-PGE / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 44% PEG 200, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Kuhn, P., (2002) Proteins, 49, 142. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98039 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月14日 詳細: Flat mirror,single crystal Si(311) bent monochromator |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98039 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50.746 Å / Num. all: 50458 / Num. obs: 50458 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28.461 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3309 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 86.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50.6 Å / Num. measured all: 161945 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.3 % / Rmerge(I) obs: 0.445 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KQ4 解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Bulk solvent correction / Bsol: 0.381386 Å2 / ksol: 55.5185 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2416 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.11 Å / Total num. of bins used: 49
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |