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- PDB-1nsf: D2 HEXAMERIZATION DOMAIN OF N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR (NSF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nsf
タイトルD2 HEXAMERIZATION DOMAIN OF N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR (NSF)
要素N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) / GOLGI STACK (ゴルジ体) / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


SNARE complex disassembly / vesicle-fusing ATPase / positive regulation of receptor recycling / syntaxin-1 binding / ionotropic glutamate receptor binding / SNARE binding / potassium ion transport / go:0042623: / PDZ domain binding / positive regulation of protein catabolic process ...SNARE complex disassembly / vesicle-fusing ATPase / positive regulation of receptor recycling / syntaxin-1 binding / ionotropic glutamate receptor binding / SNARE binding / potassium ion transport / go:0042623: / PDZ domain binding / positive regulation of protein catabolic process / intracellular protein transport / midbody / ATPase activity / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / metal ion binding / 細胞質基質
CDC48, N-terminal subdomain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / AAA ATPase, AAA+ lid domain / Vesicle-fusing ATPase / CDC48 domain 2-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / CDC48, domain 2 / ATPase, AAA-type, conserved site / ATPase, AAA-type, core ...CDC48, N-terminal subdomain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / AAA ATPase, AAA+ lid domain / Vesicle-fusing ATPase / CDC48 domain 2-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / CDC48, domain 2 / ATPase, AAA-type, conserved site / ATPase, AAA-type, core / AAA+ ATPase domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
Vesicle-fusing ATPase
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yu, R.C. / Hanson, P.I. / Jahn, R. / Brunger, A.T.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / : 1998
タイトル: Structure of the ATP-dependent oligomerization domain of N-ethylmaleimide sensitive factor complexed with ATP.
著者: Yu, R.C. / Hanson, P.I. / Jahn, R. / Brunger, A.T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 1993
タイトル: Domain Structure of an N-Ethylmaleimide-Sensitive Fusion Protein Involved in Vesicular Transport
著者: Tagaya, M. / Wilson, D.W. / Brunner, M. / Arango, N. / Rothman, J.E.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録1998年6月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0183
ポリマ-30,4861
非ポリマー5312
2,198122
1
A: N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,10818
ポリマ-182,9196
非ポリマー3,18912
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area22840 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area60170 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)115.996, 115.996, 44.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR / VESICULAR-FUSION PROTEIN NSF


分子量: 30486.451 Da / 分子数: 1 / 断片: D2 HEXAMERIZATION DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
細胞株: CHO / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P18708
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン / マグネシウム


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化pH: 6.05 / 詳細: pH 6.05
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contains equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
3100 mM1dropNaCl
420 mMADP1drop
55 mM1dropMgCl2
62 %glycerol1drop
720 mMdithiothreitol1drop
8100 mMMES1reservoir
90.5 %PEG60001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→500 Å / Num. obs: 50548 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→500 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1105949.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 4947 9.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
Obs0.224 50548 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.69 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.49 Å2-3.54 Å20 Å2
2---8.49 Å20 Å2
3---16.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 32 122 2096
拘束条件
精密化-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.192.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 451 9.8 %
Rwork0.287 4169 -
Obs--88.1 %
Xplor file
精密化-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ATP.PARATP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMTOPMG.PRO
X-RAY DIFFRACTION4PAR_MG.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
精密化-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.333 / Rfactor obs: 0.288

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万見について

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お知らせ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報:新しいEM Navigatorと万見の変更点

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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