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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nsf | ||||||
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タイトル | D2 HEXAMERIZATION DOMAIN OF N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR (NSF) | ||||||
要素 | N-ETHYLMALEIMIDE SENSITIVE FACTOR | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / ENDOPLASMIC RETICULUM / GOLGI STACK / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SNARE complex disassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / positive regulation of receptor recycling / ionotropic glutamate receptor binding / potassium ion transport ...SNARE complex disassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / positive regulation of receptor recycling / ionotropic glutamate receptor binding / potassium ion transport / SNARE binding / PDZ domain binding / intracellular protein transport / positive regulation of protein catabolic process / midbody / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, R.C. / Hanson, P.I. / Jahn, R. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structure of the ATP-dependent oligomerization domain of N-ethylmaleimide sensitive factor complexed with ATP. 著者: Yu, R.C. / Hanson, P.I. / Jahn, R. / Brunger, A.T. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Domain Structure of an N-Ethylmaleimide-Sensitive Fusion Protein Involved in Vesicular Transport 著者: Tagaya, M. / Wilson, D.W. / Brunner, M. / Arango, N. / Rothman, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nsf.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nsf.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nsf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nsf_validation.pdf.gz | 452.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nsf_full_validation.pdf.gz | 455.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nsf_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nsf_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nsf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30486.451 Da / 分子数: 1 / 断片: D2 HEXAMERIZATION DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 細胞株: CHO / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P18708 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.05 / 詳細: pH 6.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contains equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→500 Å / Num. obs: 50548 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 33.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→500 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1105949.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.69 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→500 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.333 / Rfactor obs: 0.288 |