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万見
- PDB-1nm3: Crystal structure of Heamophilus influenza hybrid-Prx5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nm3
タイトルCrystal structure of Heamophilus influenza hybrid-Prx5
要素Protein HI0572
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / hybrid / peroxiredoxin (ペルオキシレドキシン) / glutaredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin domain / Peroxiredoxin-5-like / Glutaredoxin subgroup / Redoxin / Redoxin / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. ...Glutaredoxin domain / Peroxiredoxin-5-like / Glutaredoxin subgroup / Redoxin / Redoxin / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hybrid peroxiredoxin hyPrx5
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, S.J. / Woo, J.R. / Hwang, Y.S. / Jeong, D.G. / Shin, D.H. / Kim, K.H. / Ryu, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Tetrameric Structure of Haemophilus influenza Hybrid Prx5 Reveals Interactions between Electron Donor and Acceptor Proteins.
著者: Kim, S.J. / Woo, J.R. / Hwang, Y.S. / Jeong, D.G. / Shin, D.H. / Kim, K. / Ryu, S.E.
履歴
登録2003年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein HI0572
B: Protein HI0572
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6846
ポリマ－54,2992
非ポリマー3844
水0
1
A: Protein HI0572
B: Protein HI0572
ヘテロ分子

A: Protein HI0572
B: Protein HI0572
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,36712
ポリマ－108,5994
非ポリマー7698
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9930 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area41790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.854, 72.854, 229.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Protein HI0572 / hybrid peroxiredoxin


分子量: 27149.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44758
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium sulfate, sodium acetate, tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.6 Mammonium sulfate1reservoir
20.2 Msodium acetate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→99 Å / Num. all: 6059 / Num. obs: 15821 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→99 Å / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
Num. obs: 15906 / Num. measured all: 407938 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.95 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→99 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.283 770 random
Rwork0.239 --
obs0.239 15821 -
all-16059 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3716 0 20 0 3736
精密化
*PLUS
最低解像度: 99 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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