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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ndp | ||||||
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タイトル | ADENOSINE 5'-DIPHOSPHATE BINDING AND THE ACTIVE SITE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASENucleoside-diphosphate kinase | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / 無性生殖 / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / 無性生殖 / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / 分泌 / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / リボソーム / G protein-coupled receptor signaling pathway / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Janin, J. / Morera, S. / Dumas, C. / Lascu, I. / Lebras, G. / Veron, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Adenosine 5'-diphosphate binding and the active site of nucleoside diphosphate kinase. 著者: Morera, S. / Lascu, I. / Dumas, C. / LeBras, G. / Briozzo, P. / Veron, M. / Janin, J. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: X-Ray Structure of Awd Nucleoside Diphosphate Kinase from Drosophila 著者: Chiadmi, M. / Morera, S. / Dumas, C. / Lebras, G. / Lascu, I. / Veron, M. / Janin, J. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992 タイトル: X-Ray Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase 著者: Dumas, C. / Lascu, I. / Morera, S. / Glaser, P. / Fourme, R. / Wallet, V. / Lacombe, M.L. / Veron, M. / Janin, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ndp.cif.gz | 74.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ndp.ent.gz | 55.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ndp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1ndp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1ndp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16816.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | A MG++ ION (MG B 161) IS ASSOCIATED WITH ADP IN CHAIN B. IN CHAIN A, THE CORRESPONDING DENSITY IS ...A MG++ ION (MG B 161) IS ASSOCIATED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 15408 / % possible obs: 88 % / Num. measured all: 31166 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.1 Å2 |