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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nc5 | ||||||
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タイトル | Structure of Protein of Unknown Function of YteR from Bacillus Subtilis | ||||||
要素 | hypothetical protein yTER仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / HELIX BARREL / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase / unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase activity / carbohydrate metabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Lozondra, L. / Korolev, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: 1.6 A crystal structure of YteR protein from Bacillus subtilis, a predicted lyase. 著者: Zhang, R. / Minh, T. / Lezondra, L. / Korolev, S. / Moy, S.F. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nc5.cif.gz | 95.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nc5.ent.gz | 72.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1nc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1nc5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | This protein (APC1644) existed as monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43021.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YTER / プラスミド: MSCG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: O34559 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.3 M Nacitrate, 0.1M Tris , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795,0.9798,0.94656 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月12日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 59605 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 20.36 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 34.88 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 5741 / % possible all: 98.3 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 59188 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: none 解像度: 1.6→44.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: In the cns refinement (hlml target), the Friedel's pair was treated as two seperated reflections.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.3677 Å2 / ksol: 0.389443 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.2 Å / Luzzati sigma a free: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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