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万見
- PDB-1n91: Solution NMR Structure of Protein yggU from Escherichia coli. Nor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n91
タイトルSolution NMR Structure of Protein yggU from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics Consortium Target ER14.
要素orf, hypothetical protein
キーワードStructural Genomics/Unknown function / ALPHA+BETA / Northeast Structural Genomics Consortium / PSI / Protein Structure Initiative / NESG / Structural Genomics-Unknown function COMPLEX
機能・相同性Conserved Hypothetical Protein Mth637; Chain: A; / YggU-like / Protein of unknown function DUF167 / YggU-like superfamily / Uncharacterised ACR, YggU family COG1872 / DUF167 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0235 protein YggU
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics simulated annealing
データ登録者Aramini, J.M. / Xiao, R. / Huang, Y.J. / Acton, T.B. / Wu, M.J. / Mills, J.L. / Tejero, R.T. / Szyperski, T. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2003
タイトル: Resonance assignments for the hypothetical protein yggU from Escherichia coli.
著者: Aramini, J.M. / Mills, J.L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Wu, M.J. / Szyperski, T. / Montelione, G.T.
履歴
登録2002年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX Author defined secondary structure.
Remark 700SHEET The sheet structure of this molecule is bifurcated. In order to represent this feature in the ...SHEET The sheet structure of this molecule is bifurcated. In order to represent this feature in the sheet report below, two sheets are defined. Strands 1,2 and 3 in sheet A and B are identical.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: orf, hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9041
ポリマ－11,9041
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 orf, hypothetical protein


分子量: 11903.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: yggU / プラスミド: ER14-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pMgk / 参照: UniProt: Q8XCU6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-NOESY
1213D 13C-NOESY
1313D aromatic 13C-NOESY
1422D 15N,1H HSQC-J
1512D 15N,1H MEXICO
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Automatic backbone resonance assignments were made using AUTOASSIGN. Automatic NOESY assignments as well as distance and ...Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Automatic backbone resonance assignments were made using AUTOASSIGN. Automatic NOESY assignments as well as distance and hydrogen bond restraints were determined using the AUTOSTRUCTURE program. Dihedral angle restraints were determined using HYPER and TALOS. Backbone conformations for residues 1-5, 25-26, 66, 101-108 are not well-defined [S(phi) + S(psi) < 1.8] in this solution NMR structure.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM ER14 U-15N,13C in 20mM MES, 50mM NaCl, 5mM DTT, pH 6.595% H2O/5% D2O
21.0 mM ER14 U-15N,13C in 20mM MES, 50mM NaCl, 5mM DTT, pH 6.595% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVARIAN Inc.collection
NMRPipe2.1Delaglio, Bax解析
Sparky3.106Goddard, Knellerデータ解析
AutoAssign1.9Moseley, Zimmerman, Montelioneデータ解析
AutoStructure1.1.2Huang, Montelione構造決定
HYPER2.7Tejero, Montelione構造決定
TALOS2.1Cornilescu, Delaglio, Bax構造決定
DYANA1.5Guntert精密化
X-PLOR2.0.4 (NIH)Brunger精密化
PdbStat3.27Tejero, Montelioneデータ解析
AutoStructure1.1.2Huang精密化
精密化手法: torsion angle dynamics simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1419 conformationally-restricting NOE-derived distance restraints, 210 dihedral angle restraints, and 78 hydrogen bond restraints. Initial structure ...詳細: The structures are based on a total of 1419 conformationally-restricting NOE-derived distance restraints, 210 dihedral angle restraints, and 78 hydrogen bond restraints. Initial structure determination was performed by torsion angle dynamics (DYANA). The final structures submitted were refined by simulated annealing (XPLOR).
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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