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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n4f | ||||||
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タイトル | Para-Arsanilate Derivative of Hen Egg-White Lysozyme | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Retailleau, P. / Prange, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Phasing power at the K absorption edge of organic arsenic. 著者: Retailleau, P. / Prange, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n4f.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n4f.ent.gz | 29.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n4f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hen egg white / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.95 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 250 mM sodium para-arsanilate then transferred to equivalent solution plus 15% V/V ethyleneglycol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.0438 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月19日 |
放射 | プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0438 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→15.66 Å / Num. obs: 11331 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.87 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1459 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 97.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15.7 Å / Num. obs: 11323 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.165 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→15.66 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.162 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→15.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.82 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: BUSTER-TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 16 Å / Num. reflection all: 11331 / Num. reflection obs: 10217 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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