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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mwq | ||||||
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タイトル | Structure of HI0828, a Hypothetical Protein from Haemophilus influenzae with a Putative Active-Site Phosphohistidine | ||||||
要素 | HYPOTHETICAL PROTEIN HI0828仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / HI0828 / YCII_HAEIN / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 YCII-related / YCII-related domain / Dimeric alpha+beta barrel / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 0.99 Å | ||||||
データ登録者 | Willis, M.A. / Krajewski, W. / Chalamasetty, V.R. / Reddy, P. / Howard, A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: Structure of YciI from Haemophilus influenzae (HI0828) reveals a ferredoxin-like alpha/beta-fold with a histidine/aspartate centered catalytic site 著者: Willis, M.A. / Song, F. / Zhuang, Z. / Krajewski, W. / Chalamasetty, V.R. / Reddy, P. / Howard, A. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mwq.cif.gz | 111.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mwq.ent.gz | 90.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mwq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | Dynamic Light Scattering (DLS) indicates the protein is a dimer in solution. There is one dimer in the asymmetric unit. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 11305.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P44887 |
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-非ポリマー , 6種, 342分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-CAC / | #5: 化合物 | ChemComp-1PE / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG4000, sodium cacodylate, sodium chloride, zinc acetate, dioxane, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9793, 0.9795, 0.9664, 0.9832 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月23日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 0.99→19.45 Å / Num. all: 206507 / Num. obs: 206417 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.76 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 0.99→1 Å / 冗長度: 0.87 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3599 / Rsym value: 0.3486 / % possible all: 55.7 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 1042859 / Rmerge(I) obs: 0.063 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.1 Å / % possible obs: 83.4 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 0.99→15 Å / Num. parameters: 18707 / Num. restraintsaints: 23309 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 25 / Occupancy sum hydrogen: 1497 / Occupancy sum non hydrogen: 1916.09 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.99→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.132 / Rfactor Rwork: 0.109 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |