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- PDB-1mw5: Structure of HI1480 from Haemophilus influenzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mw5
タイトルStructure of HI1480 from Haemophilus influenzae
要素HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #30 / Hypothetical protein HI1480 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein HI_1480
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lim, K. / Sarikaya, E. / Howard, A. / Galkin, A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: PROTEINS: STRUCT.,FUNCT.,GENET. / 年: 2004
タイトル: Novel structure and nucleotide binding properties of HI1480 from Haemophilus influenzae: a protein with no known sequence homologues
著者: Lim, K. / Sarikaya, E. / Galkin, A. / Krajewski, W. / Pullalarevu, S. / Shin, J.H. / Kelman, Z. / Howard, A. / Herzberg, O.
履歴
登録2002年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4352
ポリマ－42,4352
非ポリマー00
水3,765209
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480

A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8714
ポリマ－84,8714
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.289, 79.289, 143.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細Dimer of dimers. The tetramer is generated from the dimer of the asymmetric unit by a crystallographic symmetry: 1-X,-Y,Z

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN HI1480 / 仮説


分子量: 21217.662 Da / 分子数: 2 / 変異: L8M, F151M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI1480 / プラスミド: pET100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P44209
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17 %PEG80001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoirpH7.0
30.2 M1reservoirMgCl2
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 29494 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 3690 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 58739 / Num. measured all: 341570 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.255

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.243 2678 random
Rwork0.196 --
all-28556 -
obs-27084 -
原子変位パラメータBiso mean: 42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2648 0 0 209 2857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.23
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.244 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.015
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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