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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmd | ||||||
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タイトル | TRUNCATED HEAD OF MYOSIN FROM DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM COMPLEXED WITH MGADP-BEF3 | ||||||
要素 | MYOSINミオシン | ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / ATPASE (ATPアーゼ) / MYOSIN (ミオシン) / COILED COIL (コイルドコイル) / ACTIN-BINDING / ATP-BINDING / HEPTAD REPEAT PATTERN / METHYLATION (メチル化) / ALKYLATION (アルキル化) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / RHO GTPases activate PAKs / contractile actin filament bundle assembly ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / RHO GTPases activate PAKs / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / adenyl nucleotide binding / actomyosin contractile ring / hypotonic response / uropod / actin-myosin filament sliding / detection of mechanical stimulus / apical cortex / negative regulation of actin filament polymerization / bleb assembly / ミオフィラメント / myosin filament / filopodium assembly / myosin II complex / early phagosome / microfilament motor activity / cortical actin cytoskeleton organization / cortical actin cytoskeleton / 仮足 / 分裂溝 / cytoskeletal motor activity / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / response to cAMP / 細胞外マトリックス / 14-3-3 protein binding / 運動性 / response to hydrogen peroxide / protein localization / 走化性 / actin filament binding / 細胞皮質 / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / 細胞骨格 / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Fisher, A.J. / Holden, H.M. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: X-ray structures of the myosin motor domain of Dictyostelium discoideum complexed with MgADP.BeFx and MgADP.AlF4-. 著者: Fisher, A.J. / Smith, C.A. / Thoden, J.B. / Smith, R. / Sutoh, K. / Holden, H.M. / Rayment, I. #1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1993 タイトル: Force-Generating Domain of Myosin Motor 著者: Itakura, S. / Yamakawa, H. / Toyoshima, Y.Y. / Ishijima, A. / Kojima, T. / Harada, Y. / Yanagida, T. / Wakabayashi, T. / Sutoh, K. #2: ジャーナル: Science / 年: 1993 タイトル: Three-Dimensional Structure of Myosin Subfragment-1: A Molecular Motor 著者: Rayment, I. / Rypniewski, W.R. / Schmidt-Base, K. / Smith, R. / Tomchick, D.R. / Benning, M.M. / Winkelmann, D.A. / Wesenberg, G. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mmd.cif.gz | 170 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mmd.ent.gz | 131.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mmd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86749.008 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN / 変異: Q760L, R761P, I762N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GENETICALLY TRUNCATED HEAD OF MYOSIN FROM DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM, LIGANDS ADP AND BEF(3) 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 発現宿主: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 参照: UniProt: P08799, EC: 3.6.1.32 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 |
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検出器 | 日付: 1994年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.033 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 63717 / % possible obs: 88 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_planar_d / Dev ideal: 0.007 |